В учреждении ведется комплексная целенаправленная работа по подготовке воспитанников к самостоятельной жизни и успешной социализации выпускников интернатного заведения. Разработаны и претворяются в жизнь программы: «Программа подготовки воспитанников к самостоятельной жизни» (8-9 кл.); «Программа профориентационной работы» (3-9 кл.); «Программа воспитательной работы» (1-9 кл.), имеющая основные направления: духовно-нравственное, спортивно-оздоровительное, общекультурное, социальное; «Программа психокоррекционного сопровождения» (1-9 кл.); «Программа аутодеструктивного поведения» и др. Программы реализуются через урочную и внеурочную деятельность, включающую систему воспитательских часов, занятия в кружках, секциях, групповые и индивидуальные занятия у педагога-психолога, индивидуальные консультации у социальных педагогов, экскурсии по городу и т.д.
МКОУ «Школа-интернат № 66» являлась участником реализации «Комплекса мер по развитию системы подготовки к самостоятельной жизни воспитанников организаций для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, постинтернатного сопровождения и адаптации выпускников таких организаций, детей из замещающих семей на территории Кемеровской области на 2018-2019 годы».
Финансовую поддержку осуществляет Фонд поддержки детей, находящихся в трудной жизненной ситуации (г. Москва).